Cách chơi của loạt Rune Factory tương tự như Harvest Moon / Story of Season. Cứ một giây trong thế giới thực, một phút trong trò chơi sẽ trôi qua. Người chơi có thể trồng trọt bằng cách sử dụng các nông cụ có thể nâng cấp. Tuy nhiên, cơ chế mua bán động vật của Harvest Moon đã được thay thế bằng việc đánh bại và kết bạn với quái vật trong hang động. Nếu một con quái vật được thuần hóa, nó có thể giúp người chơi chiến đấu, sản xuất hàng hóa hoặc trồng trọt. Chiến đấu trong game thuộc thể loại hành động nhập vai.

Giống như hầu hết các game Harvest Moon / Story of Season, người chơi được cung cấp một lượng thể lực giới hạn, dưới dạng "Rune Points", hoặc "RP". RP cạn kiệt khi người chơi thực hiện các nhiệm vụ tại nông trại hoặc chiến đấu bằng vũ khí hoặc phép thuật. Người chơi cũng được cộng điểm đánh. Người chơi có thể tấn công mà không cần RP bằng cách hy sinh HP. Người chơi có thể bổ sung RP bằng cách sử dụng Rune được tạo ra bởi các loại cây trồng hoặc bình thuốc, trong khi HP có thể được phục hồi bằng cách sử dụng thuốc hoặc phép thuật chữa bệnh. Nhà tắm trong thành phố phục hồi cả HP và RP. Nếu người chơi hết HP khi đang làm việc trong trang trại, họ sẽ gục ngã và được giải cứu; tuy nhiên, trong Rune Factory và Rune Factory 2, việc chết bên ngoài thị trấn khiến trò chơi kết thúc. Trong tất cả các phần khác, người chơi sẽ không chết khi chiến đấu trong các hang động hoặc phế tích.

Hoa màu có thể được trồng ở các khu vực khác nhau để bán lấy vàng; các hoạt động khác bao gồm khai thác kim loại và khoáng sản, câu cá hoặc thu thập thực phẩm như sữa và trứng từ những con quái vật được thuần hóa. Sau đó, người chơi có thể chi tiền và vật chất để nâng cấp cho ngôi nhà, vũ khí và công cụ của mình.

Ngoài lối chơi kết thúc mở, các trò chơi còn có một cốt truyện tuyến tính, có thể được tiếp tục bằng cách khám phá các hang động và đánh bại một số quái vật nhất định. Cũng giống như trong loạt Harvest Moon, mối quan hệ của nhân vật chính với những người dân làng khác tăng lên bằng cách nói chuyện với họ hoặc thực hiện những hành động làm hài lòng họ, chẳng hạn như tặng những món đồ họ thích làm quà. Một số người trong số họ thậm chí có thể kết hôn nếu mối quan hệ của họ tiến triển đủ. Một số phần của loạt yêu cầu nhân vật chính phải kết hôn như một phần của cốt truyện.